Početnost půdních mikroorganismů se snižuje vlivem holosečného způsobu lesního hospodaření tak, že nemohou vykonávat své přirozené funkce. Profesor Josef Rusek při výzkumu půdy na Šumavě prokázal, že na holinách během jednoho léta vyhynou funkčně důležité skupiny půdní fauny. To způsobuje mimo jiné hynutí sazenic dřevin, které se na holosečných pasekách později vysadí. Dokazuje to, že holosečné hospodaření podporuje degradaci lesní půdy.