Šest vrcholných představitelů komunistcké strany v čele s generálním tajemníkem Alexandrem Dubčekem bylo 21. srpna uneseno do Moskvy, kde později spolu s dalšími představiteli Československa s výjimkou předsedy Národní fronty Františka Kriegla pod nátlakem podepsali takzvaný moskevský protokol, který stvrzoval okupaci.
Moskevský protokol znamenal faktický konec pražského jara. V textu se již objevuje termín „normalizace poměrů“ v zemi, včetně zastavení činnosti „antisocialistických“ organizací nebo provedení „nutných kádrových opatření ve vedení tisku, rozhlasu a televize“. Protokol, který neobsahoval datum odchodu vojsk, schválil ÚV KSČ koncem srpna. Zatímco vojáci Maďarska, Bulharska a Polska se z československého území po krátké době stáhli, pobyt sovětských vojsk naopak legalizovala smlouva o jejich pobytu, kterou Národní shromáždění schválilo 18. října 1968. Tím se jejich „dočasný“ pobyt prodloužil na 23 let. Poslední sovětský voják, kterým byl velitel Střední skupiny sovětských vojsk Eduard Vorobjov, odletěl z Prahy až 27. června 1991.